Одним из направлений научной и финансово-экономической деятельности Школы созданной В.Б. Виноградовым является работа Центра археологических исследований. Истоки ЦАИ можно обнаружить еще в 80-х годах прошлого века и связано это с грозненским этапом становления Школы, когда работы осуществлялись в условиях существования плановой экономики, в форме хоздоговорных работ, осуществлявшихся силами археологической лаборатории в лице В.Б. Виноградова, С.Н. Савенко, С.Л. Дударева, Е.И. Нарожного и др. 

90-е годы прошлого века связаны с большими изменениями как в истории нашей страны, так и истории Школы. С 1992 по 2002 год археологическая деятельность существовала в условиях зарождавшихся рыночных отношениях, в стенах нового для коллектива ВУЗа – АГПИ, при поддержке ректора В.Т. Сосновского. Из среды местного студенчества в коллектив археологов влились – А.Л. Пелих, И.И. Басов, П.В. Соков, принявших участие в многочисленных раскопках, проводившихся в окрестностях города Армавира.

В 2002 году по инициативе В.Б. Виноградова произошло юридическое оформление Центра археологических исследований АГПИ под руководством директора Е.И. Нарожного. За десять лет работы коллектив ЦАИ провел многочисленные раскопки в различных районах нашего края и соседних регионов (Ростовская область, Ставропольский край, Кабардино-Балкария, Адыгея), значительно расширил свою материально-техническую базу (автомобиль УАЗ-Патриот, компьютеры и оргтехника, археологическое оборудование и инвентарь), воспитал плеяду молодых ученых-археологов и специалистов (В.И. Басов, С.Я. Березин, Г.Г. Давыденко, Е.В. Муравенко, Ф.А. Марков, Д. Крюков, Е. Маслова, И. Доценко и другие). Научные результаты этой деятельности нашли отражение в многочисленных публикациях в сборниках - Материалы и исследования по археологии Северного Кавказа, Археологический журнал и др.

В 2012 году произошел еще один кардинальный поворот в истории ЦАИ, большая часть работающего коллектива во главе с директором Е.И. Нарожным покинула стены нашего ВУЗа, еще раньше, в разное время, в силу объективных и субъективных причин из коллектива ушли многие молодые специалисты, уход которых значительно ослабил научный и экономический потенциал Центра. Но по инициативе и поддержке проректора по науке В.Г. Шнайдера и ректора А.Р. Галустова, ЦАИ АГПА был восстановлен, директором был назначен Ю.В. Приймак, затем центр возглавлял И.И. Басов, в настоящее время директором центра является Е.А.Гурова. В коллектив вернулись бывшие сотрудники – В.И. Басов и Ф.А. Марков, С.Я. Березин.

К работе Центра привлекаются студенты исторического факультета, восстановилась археологическая практика.